Amik Kalesi, tarihi ve kültürel zenginlikleriyle dikkat çeken bir yapıdır, ancak günümüzde yeterince korunamıyor. Bunun sebepleri arasında, kalenin tarihi ve kültürel değerinin yeterince takdir edilmemesi ve çevresinde yeterli koruma önlemlerinin alınmaması yer alıyor. Ayrıca, kalenin geçmişteki uygarlıkların izlerini taşımaması, onu koruma altına alma konusunda olumsuz bir etki yaratıyor. Bu durum, hem kalenin hem de çevresindeki tarihi alanların korunmamasına yol açıyor.

Amik Kalesi'nin koruma altına alınmamasının nedeni, ideolojik yaklaşımlar olarak belirtilmektedir. Araştırmacı-yazar İkram İşler, kalenin Türk veya İslam kokusu taşımadığı için koruma çalışmalarının yapılmadığını ifade etmektedir. Ayrıca, kalenin çevresindeki höyüklerin olmasına rağmen SİT alanı ilan edilmemesi de terk edilmişliğine katkıda bulunmaktadır. Amik Kalesi'nde defineciler tarafından yapılan izinsiz kazılar da yapının zarar görmesine neden olmaktadır. Amik Kalesi, M.Ö. 700'lü yıllarda Urartular tarafından Van Gölü kıyısında ticari bir liman kalesi olarak inşa edilmiştir. Daha sonra sırasıyla Medler, Persler, Selçuklular, Osmanlılar ve Türkiye Cumhuriyeti'nin hakimiyetine girmiştir.