Almus Baraj Gölü, yerel ekosistem üzerinde önemli etkilere sahip bir su kaynağıdır. Bu göl, çevresindeki doğal yaşamı etkileyen fiziksel ve kimyasal değişimlere yol açmaktadır. Barajın oluşturduğu su kütlesi, bölgedeki su döngüsünü, bitki örtüsünü ve hayvan yaşamını dönüştürerek ekosistem dengesini değiştirme potansiyeline sahiptir. Bu durum, hem su kalitesi hem de biyolojik çeşitlilik üzerinde uzun vadeli etkiler yaratabilir.

Almus Baraj Gölü'nün çevresel etkilerinden bazıları şunlardır:

• Sediment birikimi. Yeşilırmak'ın taşıdığı kil, mil, kum ve çakıl fraksiyonları rezervuar tabanında birikerek aktif depolama kapasitesinin azalmasına neden olmuştur.
• Türbin veriminde azalma.
• Dipsavak sistemlerinde tıkanma.
• Taşkın güvenliği riskleri.
• Su kalitesinde bozulma.
• Ekosistem değişimleri.

Ayrıca, kurak dönemlerde su seviyesinin çekilmesiyle yıllarca su altında kalan adacıkların yeniden görünür hale gelmesi de rezervuar tabanındaki topoğrafik değişimin somut göstergelerinden biridir. Almus Baraj Gölü, aynı zamanda bir alabalık yetiştirme alanı olarak da kullanılmaktadır. Gölün su kalitesi, alabalık kültürü ve alabalıkların yaşam sınırları için uygun özelliktedir.