Altınapa Baraj Gölü, hem su kaynakları hem de yerel ekosistemler üzerinde önemli etkiler yaratmaktadır. Bu barajın inşası ve işletilmesi, çevresel dengeleri değiştirirken, aynı zamanda yerel flora ve fauna üzerinde de belirgin sonuçlar doğurmuştur. Barajın etrafındaki doğal alanların durumu, su kalitesi ve biyolojik çeşitlilik üzerinde gözlemlenen değişiklikler, bu yapının çevresel etkilerini anlamak için dikkate alınması gereken hususlardır.

Altınapa Baraj Gölü'nün çevresel etkileri şunlardır:

• Erozyon: Yanlış arazi kullanımı nedeniyle VI. ve VII. sınıf arazilerde kuru tarım yapılması, çayır-mera sahalarının tahribi ve aşırı otlatma erozyonu şiddetlendirmektedir.
• Sedimantasyon: Barajın aktif depolama kapasitesi, özellikle 1980 sonrası dönemde hızlanan sedimantasyon süreci nedeniyle azalmaktadır.
• Kirlilik: Baraj çevresindeki tarımsal alanlardan fazla gübre ve tarımsal mücadele ilaçlarının neden olduğu kirlilikler, su kaynağına azot, fosfor ve potasyum gibi bitki besleyicileri taşıyarak yosunlaşmalara ve ötrifikasyona sebep olabilmektedir.
• Atıklar: Kuraklık nedeniyle su seviyesinin düşmesiyle kıyı şeritlerinde biriken atıklar, çevre temizliği çalışmaları ile bertaraf edilmektedir.

Barajın çevresel etkilerini azaltmak için arazi ıslahı, ağaçlandırma çalışmaları ve halkın bilinçlendirilmesi önerilmektedir.