Akvaryum Koyu, Bodrum'un en ilgi çekici doğal güzelliklerinden biri olarak tarihi derinlikleriyle dikkat çekmektedir. Bu koy, sadece göz alıcı sualtı manzaralarıyla değil, aynı zamanda geçmişten günümüze birçok medeniyete ev sahipliği yapmış olmasıyla da öne çıkıyor. Antik kalıntılar, koyun zengin tarihinin bir yansıması olarak ziyaretçileri cezbetmektedir. Denizcilerin sığınağı olarak bilinen bu bölge, zaman içinde çeşitli efsanelere ve hikayelere de kaynaklık etmiştir.

Akvaryum Koyu'nun tarihi hakkında bazı bilgiler:

• Bodrum Akvaryum Koyu, adını kristal berraklığındaki sularının bir su altı akvaryumu gibi görünmesinden almıştır.
• Koyun çevresinde, Likya uygarlığından kalma antik kalıntılar bulunmaktadır. Su altında kalmış eski yapı taşları ve kalıntılar görülebilmektedir.
• Rivayete göre, eski zamanlarda teknecilerin ve denizcilerin fırtınalı havalarda sığındıkları, erzak depoladıkları ve özellikle peksimet stoklarını tazeledikleri bir liman görevi görmüştür. Bu nedenle "Peksimet Koyu" adını almıştır.
• Bodrum’un çevresi, bölgeye damgasını vurmuş çeşitli uygarlıkların ve kültürlerin izlerini taşıyan zengin bir tarihe sahiptir.

Akvaryum Koyu, tarih boyunca denizcilerin dinlenme noktası olmuştur.