Agathonisi Adası, Ege Denizi'nin sakin sularında yer alan küçük ama tarihi zenginliklerle dolu bir yer. Antik dönemlerden günümüze uzanan geçmişi, adanın stratejik önemi ve kültürel mirası ile şekillenmiştir. Farklı medeniyetlerin izlerini taşıyan bu ada, hem tarihi hem de doğal güzellikleri ile dikkat çekmektedir.

Agathonisi Adası'nın tarihi hakkında bilinen bazı bilgiler şunlardır:

• Antik Çağ: Ada, antik dönemde "Tragaia" olarak biliniyordu ve tarihçiler tarafından kaydedilmişti.
• Ortaçağ: Ortaçağ'da korsanların saklandığı bir sığınak olarak kullanılmıştır.
• 20. Yüzyıl: 20. yüzyılda önce İtalyan, sonra Yunan yönetimine geçmiştir.
• Modern Tarih: 2011 yılında Yunanistan, Agathonisi'de bir belediye kurarak adayı resmi olarak kendi toprağı ilan etmeye çalışmıştır. Ancak bu durum, Türkiye'nin sert tepkisi ve diplomatik-askeri önlemler nedeniyle gerçekleşmemiştir.

Ayrıca, adada MÖ 4. yüzyıla kadar uzanan antik sur kalıntıları ve Bizans dönemine ait taş tonozlu yapılar bulunmaktadır.